Construído sobre estacaria no antigo areal de Miragaia, o edifício da nova Alfândega foi projectado em 1860 pelo arquitecto francês C. Colson e inaugurado em 1869. Durante a execução das obras houve alterações ao nível do projecto base, com a criação de um terceiro piso nos corpos laterais, da responsabilidade dos engenheiros Alberto e Torquato Álvares Ribeiro. A sua construção impulsionou uma reforma urbanística da zona, nomeadamente com a abertura da Rua Nova da Alfândega.